От 2005 г. музеят разполага с нова сграда. През същата година, във връзка с десет годишнината на музея, с Решение на Общинския съвет, той е именуван на името на проф. Мечислав Домарадски, откривател и пръв проучвател на емпорион Пистирос, организатор и създадел на автоматизираната информационна система "Археоло-гическа карта на България".        От 2014 г. е открита постоянна експозиция "Емпорион Пистирос", реализирана с финансовата подкрепа на Американския научен институт в София и Фондация "Америка за България".

 

       Своята дейност, както и резултатите от проучванията си музеят популяризира чрез организиране и участие в множество научни форуми, публикации и изложби.

Изложби:
1990 г.: "Бесите - История и култура" - РИМ Пазарджик, ИМ Смолян;
1994 г.: "Цар Котис I. Тракийската държава. Емпорион Пистирос." - НИМ София, АМ Пловдив;
1999 г.: "In memorian. Живот и творчество на М. Домарадски" - ИМ Казанлък;
2001 г.: "Емпорион Пистирос. 10 години Българо-Чешко сътрудничество" - Чешки център гр. София, Народен музей гр. Прага, Чехия;
2002 г.: "15 години проучвания на Емпорион Пистирос" - АМ Варна;
2014 г.: "Емпорион Пистирос в Тракия" - ИМ гр. Велинград;
2015 г.: /април - юли/ участие в българската изложба "Епопея на тракийските царе. Археологически открития в България" - музей "Лувър", Париж, Франция. 

През 1998 г. Археологическият музей е организатор и домакин на международен археологически симпозиум на тема: "Пистирос и Тасос. Търговските структури на Балканския полуостров през VII - II век пр. Хр.", а на следващата година (1999) е съорганизатор на международен симпозиум "Културата на траките и техните съседи", в памет на проф. Мечислав Домарадски, в гр. Казанлък.

2009 г. музеят е организатор и домакин на научна сесия "20 години археологически проучвания на емпорион Пистирос".

Публикации:
1. Домарадски, М., 1991, "Том I. Емпорион Пистирос: Трако-гръцки търговски отношения" ИК "Беллопринт" - Пазарджик, 1991 г.;
2. Домарадски, М., 1994 г., "Изложба цар Котис I. Тракийската държава. Емпорион Пистирос", каталог, гр. Септември, 1994 г.;
3. Домарадски, М., Танева, В., 1998 г., "Том II. Емпорион Пистирос: Тракийската култура в прехода към елинистичната епоха", гр. Септември, 1998 г.;
4. Bouzek, J., Domaradzki, M., Archibald, Z., eds. 1997: Pistiros I, Excavations and Studies, Prague;
5. Bouzek, J., Domaradzka, L., Archibald, Z., eds. 2002: Pistiros II, Excavations and Studies, Prague;
6. Bouzek, J., Domaradzka, L., eds. 2005: The Culture of Thracians and their Neighbours: Proceedings of the International Symposium in Memory of Prof. Mieczyslaw Domaradzki, with a Round Table "Archaeological Map of Bulgaria", BAR International Series 1350;
7. Domaradzki, M., Domaradzka, L., Bouzek, J., Rostropowicz, J., eds. 2000: Pistiros et Thasos: Structures economiques dans la peninsule balkanique aux VII ^e - II ^e siecles av. J.-C., Opole;
8. Bouzek, J., Domaradzka, L., Archibald, Z., eds. 2007: Pistiros III, Excavations and Studies, Prague;
9. Bouzek, J., Domaradzka, L., Archibald, Z., eds. 2007: Pistiros IV, Excavations and Studies, Prague, 2010;
10. Bouzek, J., Domaradzka, L., Archibald, Z., eds. 2007: Pistiros V, Excavations and Studies, Prague, 2013.

Музеят работи по два международни проекта:

Проект "Емпорион Пистирос"

Проект "Пистирос и неговите околности"

Международен проект "Емпорион Пистирос"

       През 1988 г. в землището на гр. Ветрен, община Септември, започват разкопки на обект, намиращ се на левия бряг на р. Марица, довели до откриването на голям търговски център, емпорион Пистирос, изиграл огромна роля в икономическия и културния живот на древна Тракия.

Името на емпориона става известно благодарение на открития през 1990 г. надпис на старогръцки език. Археологическите находки свидетелстват, че Пистирос е основан по време на първите царе на Одриската държава, Терес или Ситалк. По времето на Аматок I емпорионът вече съществува и поддържа широки търговски контакти. При Котис I (383/2-359) и неговите наследници търговците от Тасос, Аполония и Маронея получават гаранции за неприкосновеността на живота, имуществото и дейността си, отразени във Ветренския надпис. Това съвпада с периода на най-голям разцвет на Пистирос.

       При разкопките са разкрити източната крепостна стена с порта, кули и бастион, изградени от каменни блокове по подобие на укрепителната система на Тасос, улици с каменна настилка, сгради с каменни основи и добре изградена канализационна система.

          

 

Благодарение на археологическите проучвания е възможно да се очертаят следните фази от живота на обекта: I фаза: от втората половина на V до края на първата четвърт на IV в. пр. Хр.: основаване на селището, изграждане на укрепителната система, настилане на най-ранните улици, изграждане система от канали.

II фаза: от втората четвърт до края на IV в. пр. Хр.: преустройство в плана на селището, свързано с възцаряването на Котис. Разцвет на Пистирос. Регламентиране статута на Пистирос и емпоритите във Ветренския надпис.

III фаза: от началото на III до началото на II в. пр. Хр.: опожаряване и разрушаване на Пистирос от келтите в края на III в. пр. Хр.

       Археологически обект Пистирос се намира на 7 км. от гр. Септември, недалеч от магистрала Тракия.
      Отворен е за посетители в периода м. май до м. септември, по време на археологическите кампании, от 08:00 ч. до 13:00 ч.
      На около 1 км. от археологическия обект емпорион Пистирос, в местността Орешкови могили, се намира Тракийска гробница от IV в. пр. Хр.

Международен проект "Пистирос и неговите околности"

       Проектът стартира през 1997 г. Неговата цел е изследване околностите на Пистирос преди неговото възникване, по време на неговото съществуване и след неговото загиване. Реконструкция на селищната мрежа, пътищата, палеосредата и екосистемата.

Участници в международните проекти:
- Археологически музей "Проф. Мечислав Домарадски" гр. Септември;
- НАИМ (Национален Археологически институт с музей) при БАН София;
- Университета в Ливърпул, Великобритания;
- Карловия университет в Прага, Чехия;
- Френската археологическа школа в Атина.
Проектите се осъществяват под научното ръководство на НАИМ при БАН.
От 2013 г. археологическите разкопки на емпорион Пистирос се провеждат и с участници в лятното полево училище към Фондация "Балканско наследство".

Откривател и научен ръководител през първите 10 години проучвания до внезапната си смърт е проф. Мечислав Домарадски от НАИМ при БАН. От 1998 г. до 2004 г. научен ръководител на проекта става ст. н. с. д-р Алексей Гоцев от НАИМ при БАН.